计算机信息系统审计的基本方法可归纳为三种：绕过计算机审计、通过计算机审计和利用计算机审计。
一、绕过计算机审计(Audit Arounld the Computer)
(一)含义
绕过计算机审计是指审计人员不审查机内程序和文件，只审查输入数据和打印输出资料及其管理制度的方法。这种审计方法的理论基础是“黑箱原理”,即审计人员把计算机只看成是一个“黑箱”，审计时，审计人员追查审计线索直到输入计算机，然后核对计算机的输出与输入，如果输出与输入不匹配，则可以肯定计算机的处理过程是错误的。
(二)优点
1．审计技术简单
绕过计算机审计与电算化以前的审计方法没有多大区别，即使没有计算机知识，亦可进行审计，它是在计算机审计的初期阶段，审计人员对计算机了解不多的情况下广泛采用的一种方法。
2．较少干扰被审系统的工作
由于采用的是绕过计算机的审计方法，审计人员既不需要使用被审系统的计算机，也不需要查看被审系统的程序、计算机的硬件。因此，也就不会干扰被审系统的工作，因而审计工作易于得到被审单位的理解与支持。
(三)缺点
1．只有打印文件充分时才适用
绕过计算机的审计方法首先要求系统的打印文件必须充分，也就是说，审计所需要的线索和证据都必须打印齐全。但我们知道，计算机具有强大的数据存储能力，而打印出来的信息只是为数有限的一部分，这主要是必须上报的报表和内部管理所需的报告，很可能审计中需要检查的一些数据文件并没有打印出来。因此，在某些电算化系统中，绕过计算机所能取得的肉眼可见的审计线索和证据是不充分的。
2．要求输入与输出联系比较密切
即输入数据进入计算机经过简单的处理以后，即可打印输出。例如，将记账凭证输入计算机以后，经过简单的分类汇总，即编成日记账打印输出。这样，输入的记账凭证和输出的日记账并未经过很多的数据处理，审计人员很容易将输入的记账凭证和输出的日记账进行核对，如果存在问题，也容易发现。但是，如果输入数据经过多次计算和处理，反复进行分类、合并、分配、收集等处理以后，就不可能从直观上看出输出与输入之间的内在联系。例如，在成本核算系统中，只看输入的费用数和其他输入数据，再和输出的产品成本计算表进行比较，就很难确定成本报表的正确性。因此，在有的电算化系统中，单纯采用绕过计算机审计的方法，是不能取得足够审计证据的。
3．审计结果不太可靠
绕过计算机的审计方法，只能依靠被审单位打印出来的书面资料进行审计，但这些资料是否真实，审计人员并没有把握。因此，审计人员如果过分依赖被审单位提供的书面资料进行审计，则有可能发生错误的判断。
二、通过计算机审计(Audit Through the Computer)
(一)含义
通过计算机审计是指除了审查输入和输出数据以外，还要对计算机内的程序和文件进行审查。这种方法是以计算机系统为基础的审计，计算机系统成了审计的对象。通过对系统的处理和控制功能的审查，确定数据文件审查的范围和数量。
(二)优点
1．审计结果较为可靠
由于这种方法要求审查计算机内的程序和文件，这样就可以把系统进行数据处理的方法和原则审查清楚，从而得到对系统进行评价的可靠证据。
2．审计独立性较强
通过计算机的审计方法直接对被审单位的各个运行部分进行审查。而不完全依靠系统的运行结果进行审查，因而较少依赖被审单位提供的书面资料，审计的独立性较强。
(三)缺点
1．审计技术较复杂
通过计算机的审计方法，要求审计人员具有较多的计算机知识，要了解被审电算化系统所使用的操作系统、程序设计所采用的语言、数据的结构、系统的主要功能等等。要使用一定的计算机辅助审计技术进行审查，这样给不懂计算机的审计人员带来了一定的难度。
2．审计成本较高
通过计算机审计，要使用计算机辅助审计技术，往往要购置或开发计算机辅助审计软件，要占用被审系统的工作时间，有时还要聘请计算机专家参加审计，这无疑会增加审计成本。
三、利用计算机审计(Audit With the Computer)
利用计算机审计是指利用计算机的设备和软件进行审计。我们知道。计算机是一种先进的电子设备，被审单位可以利用计算机处理经济业务。而审计人员也可以利用计算机进行审计。因此，计算机对审计的影响并不仅是增加了审计的难度，在审计人员掌握了计算机技术以后，就可以大大地提高审计的效率。审计中所使用的计算机程序称为审计软件。审计软件有两种，一种是专用的审计软件，它是为了对某个特定的系统或某个审计项目进行审计而研制的。例如，工程预决算审计软件等。另一种是通用审计软件，可适用于多种审计工作，利用这些软件，可以帮助审计人员对存储在计算机内的程序和文件进行审查。除了审计软件外，审计人员还可以利用一些实用程序、数据库管理系(FOXPRO等)、被审系统的子模块(如查询模块、财务分析模块等)进行审计。
利用计算机审计的优缺点与通过计算机审计的优缺点基本相同。
一般来说，绕过计算机的审计方法适用于比较简单的系统，而通过和利用计算机审计，则适用于复杂的系统。通过和利用计算机审计是密切相关的，因为通过计算机审计往往要利用计算机的硬件和软件，因此，第三种方法也可以看做是第二种方法的延伸和发展。